목회컨설팅의 방법은 먼저, 교회를 방문해서 설문과 인터뷰로 진행된다. 전체교인을 대상으로 2가지의 만족도 설문을 실시하게 되고, 교회의 각 사역 및 부서별 리더들 그룹을 각각 직접 만나 컨설턴트의 인터뷰로 진행된다.

또한 교회 컨설팅 평가, 교회 주변지역 분석, 진단 프로그램, 교회상황 체크, 건강한 교회 기본환경 분석, 컨설턴트 교회진단 등을 통하여 종합적인 대안을 제시하게 된다.

목회컨설팅의 과정은 일반적으로 담당자와 먼저 컨설팅상담을 통해 컨설팅의 범위와 일정 등을 협의한 후 제안서를 작성하여 교회에 보낸후 검토 후 결정되면 계약이 체결된다. 이후 교회에서는 연구소에서 송부한 교회의 일반적인 자료 조사서를 작성하여 재발송하고, 정해진 일정에 컨설턴트가 교회를 방문하여 설문과 인터뷰를 진행하게 된다. 이후 설문자료는 분석실로 발송, 보고받고 진행되어진 모든 자료를 근거로 컨설턴트의 종합적인 진단과 대안이 제시된 컨설팅보고서가 교회에 전달되면 컨설팅이 완료된다.

또한 교회변화를 위한 연구소의 협력 및 코칭관계가 계약되어 실제 컨설팅보고서의 내용들을 교회에 적용하는 것에 지속적인 관계를 맺기도 한다. 컨설팅의 유형은 위와 같은 모든 과정을 그대로 진행하는 일반적 유형과 교회의 상황과 필요에 따라 선택적 방법, 컨설턴트가 직접 교회를 방문하여 성도들은 직접 만나지 않고 목회자와 상담을 통해 교회의 정황을 들으며 분석, 진단하여 대안을 제시하는 방문컨설팅의 3가지 유형으로 나뉜다.

그리고 현재 목회컨설팅연구소에서는 작은교회(미자립, 성도 30명 이하) 세우기의 일환으로 위의 방문컨설팅의 유형인 실비로 섬기는 프로젝트도 진행하고 있다.

또한 목회자의 12가지 영역에 대한 진단과 분석 그리고 그에 따른 조치사항과 사역방향을 제시하는 목회자컨설팅도 진행하고 있는데 일종의 코칭의 개념이라 할 수 있다.

이것은 6시간 가량의 목회자 부부상담과 은사검색, 성격검사, 리더십역량체크 등을 통하여 목회자의 사역의 방향을 제시하고, 목회자의 자기준비의 영역들에 대해 제안하는 컨설팅이다. 앞서 9회까지 함께 나눴던 영적지도자 만들기를 위한 연구소의 사역이기도 하다. 더불어 건강한 한국교회를 세우기 위해 전문적인 교회 컨설팅 사역을 하는 전문적인 목회컨설턴트의 사역이 있어야 한다. 이를 위해 연구소에서도 목회컨설턴트를 모집하고 있다.

새로운 사역의 하나의 목회컨설턴트의 영역에도 관심을 가지고 미래한국교회를 위해 새로운 사역에 도전하고 준비하는 목회자가 많이 나오기를 기대한다.